ขั้นตอนต่าง ๆ ในการตรวจสอบอัญมณีสามารถแบ่งออกได้เป็น ๕ ขั้นตอนใหญ่ ๆ บนหลักเกณฑ์พื้นฐานของการวัดหาค่าและตรวจสอบสมบัติต่าง ๆ ของอัญมณี ทั้งทางกายภาพทางแสงที่ถูกต้อง ประกอบกับการตรวจดูอัญมณีนั้นภายใต้กล้องจุลทรรศน์กำลังขยายสูงเพื่อพิจารณาถึงลักษณะ ตำหนิ มลทินภายในต่าง ๆ เป็นต้น
๑) การตรวจดูโดยทั่วไปด้วยตาเปล่า แว่นขยาย หรือกล้องจุลทรรศน์กำลังขยายต่ำ ๑๐-๓๐ เท่า ดูสีความโปร่งการเจียระไนปรากฏการณ์ประกายความวาว การกระจายแสง ความหน่วง แนวแตก การแตก ตำหนิภายนอกต่าง ๆ การประกบ เป็นต้น
๒) การตรวจดูด้วยกล้องจุลทรรศน์กำลังขยายสูง ๓๐-๒๐๐ เท่า เป็นการตรวจวิเคราะห์จำแนกลักษณะชนิด มลทิน ภายในต่าง ๆ ของอัญมณี เช่น อัญมณีธรรมชาติ อัญมณีสังเคราะห์ อัญมณีเทียม อัญมณีเลียนแบบ อัญมณีที่ได้มีการปรับปรุงคุณภาพ เป็นต้น จะต้องใช้ระบบแสงที่ถูกต้องเหมาะสมในการตรวจหรือการตรวจดูโดยการจุ่มอัญมณีลงในน้ำหรือน้ำยาบางอย่าง
๓) การวัดหาค่าดัชนีหักเหของแสงโดยใช้เครื่องรีแฟรกโตมิเตอร์ซึ่งทำได้ทั้งอัญมณีที่มีผิวมันราบเรียบและผิวโค้ง วัดหาค่าดัชนีหักเหของอัญมณีชนิดต่าง ๆ (ค่าเดียว สองค่า สามค่า) ค่าไบรีฟริงเจนซ์ (Birefringence) ซึ่งเป็นค่าความแตกต่างระหว่างค่าดัชนีหักเหสูงสุดกับค่าดัชนีหักเหต่ำสุด ค่าสัญลักษณ์ทางแสง
๔) สีแฝดและลักษณะทางแสงของผลึก โดยใช้โพลาไรสโคป หาลักษณะทางเดินของแสง ในอัญมณี หาค่าสัญลักษณ์ทางแสง หาสีแฝด หรือใช้ไดโครสโคปหาสีแฝด
๕) การตรวจสอบเพิ่มเติมอื่น ๆ
รายละเอียดในขั้นตอนต่าง ๆ นี้ จะแสดงให้เห็นว่าผู้สนใจหรือใครก็ตามจะสามารถตรวจจำแนกประเภทและชนิดอัญมณีได้ไม่ว่าจะเป็นอัญมณีธรรมชาติหรืออัญมณีที่ทำขึ้นทั้งหลาย โดยการใช้เครื่องมือทดสอบคุณสมบัติต่าง ๆ หลายชนิด รวมทั้งมีความสังเกตรอบคอบระมัดระวังในการตรวจวิเคราะห์และรวบรวมข้อมูลต่าง ๆ ที่ได้จากการตรวจสอบนั้นมาแปลความหมายให้ได้ถึงประเภทและชนิดของอัญมณีและในขณะเดียวกันบุคคลนั้นก็จะได้รับความรู้ความเข้าใจในวิชาอัญมณีศาสตร์เพิ่มเติมมากขึ้น